ESTD PERPUSTAKAAN UNTAD
ESTD PERPUSTAKAAN UNTAD
| JudulAnalisis In Silico Lokus Genom Kloroplas Untuk Identifikasi Subspesies Pada Durio Zibethinus |
| Nama: PUTRI EVIVANIA A. SISANG |
| Tahun: 2025 |
| Abstrak DNA barcode merupakan alat yang banyak digunakan dalam identifikasi spesies tanaman karena kecepatan dan akurasinya. Namun, identifikasi subspesies durian masih menghadapi keterbatasan akibat kurangnya penanda genetik spesifik. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi lokus-lokus genom kloroplas yang berpotensi sebagai penanda genetik untuk identifikasi subspesies Durio zibethinus melalui analisis in silico. Metode yang digunakan dalam penelitian ini meliputi analisis urutan basa menggunakan CLC Sequence Viewer 8 terhadap 51 primer universal yang dialignment dengan genom kloroplas durian (NC_036829.1). Urutan basa dari primer digunakan sebagai query dalam BLASTn pada NCBI, akan dipilih beberapa urutan basa nukleotida dengan presentase query cover minimal 80%. Urutan basa terpilih dianalisis secara filogenetik dengan metode Neighbor Joining (NJ) dan bootstrap 1000x menggunakan CLC Sequence Viewer 8. Hasil penelitian menunjukkan bahwa cpDNA dapat digunakan untuk identifikasi hingga tingkat subspesies durian. Dari 14 primer universal yang diuji, persentase kemiripan dengan genom kloroplas durian berkisar antara 82%–100%. Lokus trnH-GUG, psbA, trnC-GCA, petN, rpl32 dan ccsA diidentifikasi sebagai penanda genetik potensial untuk subspesies D. zibethinus. Kata Kunci: Analisis in silico, DNA barcode, Durian (Durio zibethinus), Genom kloroplas, Identifikasi subspesies |